Tot i que es desconeixen amb exactitud les dates del seu naixement, la germana petita dels Infants d'Aragó possiblement nasqué l'any 1402, a Medina del Campo (Castella). El seu germà gran, el rei Alfons el Magnànim fou l'encarregat d'ajustar el seu casament amb l'hereu de la Corona portuguesa, el príncep Eduard o Duarte, segon fill del rei  Joao I el Gran (Casa d'Avís)  i de princesa Felipa de Lancaster, de la Casa anglesa dels Plantagenet, que havia enviduat de la seva primera muller. La cerimònia i les nuviances es celebraren l'any 1428, a la ciutat de Coimbra. Cinc anys més tard, ambdós serien coronats a Lisboa com sobirans del regne (1433). D'aquesta unió nasqueren nou fills,  però només arribaren a la maduresa cinc: Alfons l'Africà, Ferran, Elionor, Caterina i Joana de Portugal i d' Aragó (Avís- Trastàmara).

 El rei Duarte morí a l'any 1438 de peste  i les Corts portugueses es negaren a reconèixer  a la seva vídua com a regent del reialme, ja  que preferien per a exercir aquell càrrec al príncep  Pere I de Coimbra.  La germana petita  dels Infants s'enfrontà a les Corts luses  per a fer prevaler els seus drets i no perdre les seves prerrogatives. Tanmateix,  una insurrecció popular en contra d'ella,  l'obligà a fugir de Portugal i  refugiar-se  a Castella, on s'alià amb els seus germans per a enderrocar a don Álvaro de Luna, privat del seu cosí i cunyat, Juan II de Castella, marit de la seva germana gran, la reina Maria

Elionor d'Aragó va morir a la ciutat de Toledo,  el 18 de febrero de 1445, dos mesos abans que la seva germana, enverinada també per ordre del mateix Luna. Està enterrada al costat del seu marit, al monestir portuguès de Santa Maria de Vitória (Batalha).