Única filla del rei de Navarra, Enric II d'Albret, i de la seva esposa Margarida d'Angulema, germana del rei Francesc I de França (primera branca d'Orleans de la dinastia dels Capet), la futura reina de Navarra nasqué a Pau (Aquitània), el 7 de gener del 1528. En complir els tretze anys, el seu oncle, el rei de França, l'obligà a maridar-se amb el duc de Cléveris.

Tanmateix, el matrimoni no es consumà, essent anul·lat dos anys més tard (1543). Cinc anys després d'haver obtingut l'anul·lació eclesiàstica, Joana d'Albret es remaridà amb el seu cosí  Antoni de Borbó, duc de Vendôme. D'aquesta unió nasqueren un fill, el futur Enric III de Navarra y IV de França   i una filla, Caterina d'Albret, duquessa de Lorena.
 

Com reina de Navarra va saber mantenir la independència del seu reialme davant els interessos de francesos i castellans, encara que no va poder impedir que a l'any 1560, el seu marit es convertís al catolicisme. En restar vídua, Joana d'Albret no dubtà en implantar el calvinisme en el seu regne, desatenent les amenaces del Papa (1567).

Ella mateixa liderà la defensa de La Rochele (1568) i repel·lí una invasió de la Lliga Catòlica als seus Estats (1570). Símbol del protestantisme, s'oposà amb totes les seves forces a Caterina de Mèdici, símbol del catolicisme. La reina Joana III d'Albret moria de tuberculosi, el 9 de juny del 1572, a París; dos mesos abans de la matança de Sant Bartolomeu. Fou enterrada a la catedral de Lescar. Tenia 44 anys.