Filla de l'infant Juan Manuel (l'escriptor) i de la seva 3ª esposa Blanca Núñez de Lara i de la Cerda, la princesa Juana nasqué a l'any en 1339. En complir el 11 anys, es va maridar en secret amb el comte Enric de Trastàmara i Guzmán (Sevilla, 1350), fill bastard del rei  Alfons XI de Castella i de la seva amistançada Leonor de Guzmán, que imposà a la núvia la prova de consumació del matrimoni a fi de legitimitzar les aspiracions del seu fill, i les seves pròpies, al tro Castellà .

Iniciades les hostilitats amb el seu germanastre Pedro I el Cruel, legítim rei de Castella, la Princesa, una dona d'acció, col·laborà activament a favor de la causa de la noblesa rebel, liderada pel seu espòs: L'any 1353,  prengué part en la defensa de Gijón. I l'any 1354, presidí la Coalició de Toro, on van ser redactades les condicions de la capitulació del legítim monarca. L'any 1356, va ser feta presonera en aquella ciutat, però aconseguí fugir i arribar al regne d'Aragó, on va ser acollida a la Cort del seu futur consogre, el rei Pere el Cerimoniós.    

L'any següent, tots dos bàndols s'enfrontaren obertament en el camp de batalla (Nàjera, 1367). Quan les tropes reials, assistides pels formidables arquers anglesos del Príncep Negre,  derrotaren a la noblesa rebel, Juana passà a França, on es refugià al castell de Pierrepertuse amb el seu marit. Tanmateix, l'exili fou breu, ja que el mes de maig d'aquell mateix any tornaren a Castella per a prendre part en el setge de la ciutat de Toledo, bastió del monarca castellà.
 

Quatre anys després de ser coronada (Regicidi de Montiel, 1369), l'ambiciosa reina seguia lluitant  amb més força que mai per consolidar el poder de la Dinastia Trastàmara-Manuel a la Corona d'aquell regne. Ella mateixa dirigí el setge de la petrista Zamora, que va haver de capitular l'any 1373. La reina Juana Manuel, comtessa de Peñafiel i d'Escalona, Senyora de Biscaia, moriria a Salamanca l'any 1383 (Capella de los Reyes Nuevos, a la catedral de Toledo).