Refinada i culta, Margarida d'Angulema no només fou el centre espiritual de l'elegant Cort del seu germà i de la seva cunyada Claudia de França, sinó que també assolí importants rols diplomàtics en favor de la Corona francesa com el seu viatge a Espanya per entrevistar-se amb l'emperador Carles V d'Habsburg, enemic mortal del seu germà.

En restar vídua del duc d'Alençon (d'aquesta unió no hagué descendència), es remaridà el 24 de gener de l'any 1527, amb el rei de Navarra, Enric II d'Albret. D'aquesta segona unió naixerien dos fills (una femella i un varó), però només arribaria a la maduresa la seva primogènita Joana d'Albret, futura reina de Navarra, i mare d'Enric III de Navarra i IV de França.

Cap l'any 1530, Margarida d'Angulema traslladà la seva Cort de Pau, sempre freqüentada per humanistes sospitosos de heretgia, víctimes de la Sorbona, del Parlament i de la intolerància de l'època, a Nérac (Aquitània), on, l'any 1536, moriria el seu protegit, l'humanista Jacques Lefèvre d'Étaples.

Amant de les lletres, de les ciències i de les arts, Margarida d'Angulema o Margarida de Navarra, una brillant intel·lectual, procurà difondre l'evangelisme i el platonisme. L'any 1531, publicà Espill de l'ànima pecadora i dos anys abans de la seva mort Les margarides de la Margarida de les princeses. El poeta François Rabelais li dedicà el Tercer Llibre (Tiers livre). I deu anys després de la seva mort, esdevinguda a l'any 1549, a Bigorre, a l'edat de 57 anys, es publicaria la seva obra més coneguda, l'Heptameron.