Assassinat el monarca a l'any 1610 per François Ravaillac, Maria de Mèdici aconseguí del Parlament de París ser anomenada regent de França per la minoria d'edat del seu primogènit, el futur Lluís XIII. Lluny de seguir la política del seu marit a favor de la causa protestant per fer front a la política practicada pels Habsburg (eix Madrid-Viena), Maria cercà els suport dels catòlics  i dels Habsburg hispans (Felipe IV), destituint als consellers del seu difunt espòs. Tanmateix, no aconseguí fer-se respectar pels grans ni arbitrar els conflictes socials del seu temps.

El jove Lluís XIII, aconsellat per Luynes, ordenà assassinar al conseller italià de la seva mare i a ella la va fer recluir al castell de Blois (1617). No obstant, ella aconsiguí evadir-se i aixecar-se en armes contra el seu primogènit (1620). L'escaient intervenció del cardenal Richelieu evità la guerra i afavorí la reconciliació entre mare i fill.

Arran de la mort de Luynes, el conseller del seu fill, Maria de Mèdici tornà a formar part del Consell d'Estat, però aviat s'enfrontà al mateix Richelieu. Després de nombroses intrigues per  destituir-lo del càrrec, Maria de Mèdici va haver d'exiliar-se. L'any 1642, la ex-reina de França moria a Colònia, a l'edat de 69 anys. Va fer construir el palau de Luxemburg.